两年后（一六二一）后金汗国攻陷抚顺、辽阳、沈阳。明政府任命熊廷弼担任辽东军区总指挥（辽东经略）而另任命王化贞担任辽东军区司令官（辽东巡抚）这是大黑暗时代最流行的双线领导制度，目的在互相牵制，防止叛变。总指挥和司令官的权力和责任，很难划分，熊廷弼是继于谦之后中国最伟大的军事天才，他对领悟力较弱的蠢庸之辈，感到不能忍受，所以他的人缘不好，高高在上的那些官僚政客，尤其厌恶他，他的官位虽然理论上比王化贞稍高，但王化贞有国防部长（兵部尚书）作他强硬的靠山，所以熊廷弼指挥不了他，熊廷弼只有四千人的部队，驻防山海关（河北秦皇岛东北）王化贞则拥有重兵六万，驻在山海关之北二百四十公里的广宁（辽宁北宁）王化贞跟十一世纪的范仲淹一样，善于对内宣传，他宣称只要政府一声令下，他的大军立刻就可以把努尔哈赤一举荡平。熊廷弼深知道边防军腐败已极，没有战斗力量，坚持主张采取守势，不可轻率挑战。但王化贞壮烈的言词，和用克扣军饷行使贿赂，收到预期的效果，北京大多数重要官员都支持王化贞，一致抨击熊廷弼懦弱无能和刚愎自用。问题是，努尔哈赤并不支持王化贞。第二年（一六二二）当王化贞兴高采烈地招降纳叛，准备出击时，后金兵团先发制人，用闪电战术突击广宁（辽宁北宁）王化贞六万人覆没，只身逃走。
这次战役跟熊廷弼无关，但宦官巨头魏忠贤认为跟他有关就跟他有关了。熊廷弼被逮捕下狱，三年后（一六二五）斩首。熊廷弼死时，王化贞虽然也在监狱里，但他仍然活着，在大量贿赂下，高级官员继续支持他，并且有数万被雇佣的职业群众，在北京街头示威，为卓越的王化贞将军呼冤。
王化贞的失败，使明政府在东北的土地，即辽东军区，丧失了百分之九十九，山海关外，只剩下锦州（辽宁锦州）、松山（辽宁锦州南松土堡）、宁远（辽宁兴城）三个孤城。宁远在山海关东北一百一十公里，由年轻有为的将领袁崇焕防守。
努尔哈赤于击败王化贞后，即把首都从赫图阿拉城（辽宁新宾）迁到刚从明政府手中夺取的辽阳（辽宁辽阳）三年后（一六二五）再迁都沈阳（辽宁沈阳）步步进逼明帝国。明年（一六二六）努尔哈赤亲统十一万没有战败过的精锐兵团，围攻宁远，企图把山海关外的明政府的势力，全部肃清。结果遭到失败，努尔哈赤被守军使用的葡萄牙巨炮击中，重伤而死。
四清帝国以战迫和努尔哈赤的逝世对后金汗国没有重大影响，这是新兴政治力量的一种重要考验。他的继承人皇太极于老爹死后的次年（一六二七）对宁远发动第二次攻击，被袁崇焕第二次击退。皇太极在回军途中顺便进攻锦州，又被守军击退。明政府宣传这次战役是“锦宁大捷”皇太极同他老爹一样的干练，他综合分析宁远城外失利的结果，得到一个结论。认为明政府虽然困于国内如火如荼的民变，日趋衰弱，但边疆上的重点实力仍不能忽视。他希望跟明政府和解。只要明政府承认他的汗国存在，他愿意结束战争。
于是。皇太极采取行动，一是用武力征服南方的朝鲜王国和西方的蒙古察哈尔部，以切断明政府的左右两翼。一是绕过宁远（辽宁兴城）和山海关，从另外的道路，攻入中国本土，对明政府施以压力。这两者他都做得非常成功，朝鲜国防军溃败，在亡国和屈服之间，选择屈服。蒙古察哈尔部领袖林丹汗被击败后，向西逃亡，死于青海湖附近，他的儿子投降。后金汗国遂跟中国以长城为界，开始发动一连五次以战迫和的入塞攻击，完全采取蒙古帝国初期对付金帝国的挖心手段。我们把这五次攻破长城，深入中国心脏地带的战役，列为下表：从上表可以看出，在腐败的明王朝政府手中的万国长城，已成为脆弱的篱笆，丧失了它所应具有的防御北方蛮族的功能。后金汗国在稍后也拥有葡萄牙巨炮，只要高兴，他们可以在任何地方轰出一个缺口，长驱直入。
最重要的一次入塞是第一次，由皇太极亲自率领，直抵北京城下，给骄傲自大的明政府带来最大的震恐。袁崇焕这时已擢升为辽东军区总司令（辽东督师）他得到消息，立刻统率五千骑兵向北京驰援，日夜不停的奔驰四百公里，到达北京时，人与马都疲惫不堪，但仍在广渠门（北京城门之一）外，击退后金兵团的攻势。可是北京那些勇于内斗的官员们并不感谢他，反而认为他应负不能阻挡敌人攻破长城的责任。而被攻陷的喜峰口（河北迁西北）却是属于另一个军区——蓟州军区。皇太极对这个屡次阻挠后金军事行动兼杀父之仇的袁崇焕，尤其恨入骨髓。一个小说上虚构的反间谍故事，移上真实的政治舞台。熟读《三国演义》的皇太极，运用“周瑜计赚蒋干”的方法，实施他的阴谋。
这个阴谋中扮演蒋干角色的是两个被俘虏的明王朝宦官，他们在睡梦中隐约听到看守他们的后金卫士如下的耳语对话。一个问：“今天怎么忽然停战？”
一个答：“我看见可汗骑马走向敌人阵地，有两个人迎上来相见，密谈了很久。大概袁崇焕有什么秘密信息，事情很快就会解决。”
两个宦官不久就自以为很幸运的逃出牢笼，回到北京，向第十七任皇帝朱由检告发。不但朱由检大大的震怒，几乎所有的官员都额手称庆叛徒的奸谋败露，使北京得免陷落。袁崇焕被捕，在舆论沸腾中，受到磔刑处死。
过了十六年，后金汗国（那时已改称清帝国）攻占北京，公布这场公案的内幕，用以炫耀自己的聪明